單位申請深圳車牌指標和個人申請主要有以下不同。

首先，個人指標屬于個人，不可轉讓，僅限夫妻間轉讓，非深戶無居住證車子過戶或遷檔車牌自動放棄。而單位指標跟著公司，公司在誰名下誰擁有，可變更，能通過收購公司車牌到名下，后期離開深圳也能變更。

其次，單位指標有更多實用和投資價值，比如不限牌不限號、無需社保居住證、會升值、過戶簡單可轉讓、還可用于營運掙錢。

再者，公司車牌可正常過戶，只跟公司營業執照綁定，個人車牌只能配偶間過戶，且配偶結婚登記要滿一年且有一年居住證才可出讓過戶。

另外，公司車牌收購無需社保居住證，能直接過戶，沒太多限制，對無 2 年社保和居住證又想快速獲牌的朋友是最好選擇，而且更具投資價值。

還有，深圳車牌搖號個人申請和企業申請互不干擾，個人已申請企業也可申請但不能同時。個人申請和公司申請的區別在于申請人身份和條件不同，可獲指標數量也不同。個人申請適合個人購車者，公司申請適合企事業單位等，公司申請條件通常包括企業注冊證明等，指標數量相對較多。

總之，單位申請深圳車牌指標和個人申請在多個方面存在差異，您可以根據自身情況選擇適合的申請方式。