寶馬 E39 的動力系統特點很豐富。

首先，它搭載了 M54 直列六缸發動機，操控性能出色。在那個手動擋居多的年代，配備手自一體變速器較為少見。

像 520i 搭載直列 6 缸 2.0L 發動機，540i 則配備 V8 發動機。

還有，5 系旅行版搭載不同功率調校的 M52 直列六缸發動機，535i/540i 以及 M5 旅行版也搭載 V8 發動機，面向歐洲市場的還提供直列六缸柴油發動機版本。

有的車主還會對發動機進行改裝，比如將 540i Touring 旅行車的 4.4 升發動機更換為 E39 M5 身上的 S62B50 5.0 升 V8 發動機，并對發動機內部強化，使用 CP-Carrillo 鍛造活塞和 FCP 連桿增強強度，加裝 ESS VT-560 機械增壓器套件，配合新的 ECU 電腦程序、定制排氣系統、高流量噴油嘴、AEM 水/甲醇噴射系統等，最終獲得 640hp 和 510Nm 的強大動力數據。

總之，寶馬 E39 的動力系統豐富多樣，既能滿足日常使用，又能通過改裝實現更強大的性能。