奧迪 A6 的排放標準有國五和國六。

國五標準相當于歐盟的歐五標準，對氮氧化物、碳氫化合物、一氧化碳和懸浮粒子等機動車排放物的限制更為嚴苛。全國于 2018 年 1 月 1 日起實施第五階段國家機動車排放標準，北京市則于 2016 年 1 月 1 日起提前實施。

目前，奧迪 A6L 多為國六排放標準。國六排放標準是為防治汽車排氣對環境的污染、保護生態環境和保障人體健康而制定，更加嚴格科學。

與國五相比，在多個方面顯著優化，能更全面客觀判定車輛排放水平，且更易于執行和監管。

為讓汽車行業有充足準備周期進行車型和動力系統變更升級等，輕型車國六標準采用分步實施方式，設國六 a 和國六 b 兩個排放限值方案。

新車合格證上會標注該車型的尾氣排放是國幾。