新能源車船稅與傳統燃油車在稅收方面存在諸多差異。

首先在購置稅上，購置新能源車免征購置稅，以15萬家用車為例，傳統燃油車原本要交8.85%購置稅，即13274元，若開6年，每年需平攤2200元，而新能源車則無此項費用。

其次車船稅方面，像15萬的2.0燃油車每年需360元，新能源車通常免費，這樣每年固定稅費兩者就相差2560元。

在其他稅費方面，假如每年開1萬公里，15萬的燃油車百公里8個油，油價計算每年開銷約6500元，油錢中35.5%用于交稅，即2308元。而新能源車百公里電耗15度，充電1元1度，每年開銷1500元，其中增值稅195元，對比燃油車能少交2113元稅。

另外，納稅義務人也不同，車輛購置稅的納稅義務人是在中華人民共和國境內購置汽車等的單位和個人，車船稅的納稅義務人是在境內屬于規定的車輛、船舶所有人或者管理人。

納稅義務時間與期限也有差別，車輛購置稅納稅義務發生時間為購置應稅車輛當日，應自發生之日起六十日內申報繳納，辦理車輛注冊登記前繳納，一車一申報。車船稅納稅義務發生時間為取得車船所有權或者管理權當月，按年申報，分月計算，一次性繳納，納稅年度為1月1日至12月31日。

納稅地點也不一樣，車輛購置稅需辦理登記的向車輛登記地主管稅務機關申報，不需辦理的單位納稅人向機構所在地申報，個人納稅人向戶籍或經常居住地申報。車船稅納稅地點為車船登記地或扣繳義務人所在地，無需登記的車船納稅地點為所有人或管理人所在地，已代收代繳的不再向車輛登記地主管稅務機關申報。

還有，新版車船稅政策規定，插電式混合動力汽車純電續航43公里不用繳納車船稅。