申請深圳新能源補貼需要準備以下材料：

個人申請：

1. 申請人有效身份證件，包括居民身份證、護照、港澳居民來往內地通行證、臺灣居民來往大陸通行證、港澳臺居民居住證和外國人居留證等有效證件，持有效護照的外籍人士需提供護照公證翻譯本。

2. 機動車注銷或轉出業務受理憑證。

3. 申請人在市交通運輸局取得的有效深圳市小汽車更新指標證明文件。

4. 新購車輛的機動車銷售統一發票。

5. 新購車輛的機動車行駛證。

6. 申請人本人的銀行儲蓄卡，華僑、港澳臺地區居民及外國人需在深圳市相關銀行開戶。

城市公交企業申請：

新能源城市公交車更新：

1. 報廢車輛的《行駛證》《報廢機動車回收證明》和《機動車注銷證明》復印件。

2. 新購車輛的《行駛證》《機動車銷售統一發票》和《機動車登記證書》復印件。

3. 《深圳市新能源城市公交車車輛更新明細表》。

新能源城市公交車動力電池更換：

1. 更換動力電池新能源公交車輛的《行駛證》復印件。

2. 由動力電池更換服務提供商出具的舊動力電池包數量、舊動力電池包編碼證明，以及更換后的動力包電池數量、動力電池包編碼、生產日期等信息。

3. 由動力電池更換服務提供商和公交企業簽訂的動力電池更換合同（含動力電池安全規范性要求）及動力電池更換完成后的驗收證明。

4. 《深圳市新能源城市公交車輛動力電池更換明細表》。

以上申報材料需加蓋機動車所有人公章，材料為復印件的需核對原件。