本田飛度的安全配置很豐富。

被動安全方面，全車搭載 6 安全氣囊，包括前排 i-SRS 智能雙安全氣囊、前排側安全氣囊、前后排貫穿式側安全氣簾，能為駕乘人員提供全方位保護。車身應用 ACE 高級兼容性車身結構，980Mpa 以上的高強度鋼材適用范圍達 18%，更高強度的車身結構提升了被動安全屬性。

主動安全方面，新款飛度搭載 Honda SENSING 安全超感系統，ACC 主動巡航控制系統優化，遇到前車突然剎車能平穩制動。LKAS 車道保持輔助系統在路況不良、視線不佳時能更好識別白線并強化控制邏輯。RDM 車道偏移抑制系統在駕駛者出現異常駕駛情況時強化控制。CMBS 碰撞緩解制動系統增加可判斷車輛前方是否存在自動兩輪車靜止或行駛的場景，強化碰撞控制。

此外，還配備 ABS 防抱死制動系統、EBD 電子制動力分配系統、VSA 車身穩定控制系統等，有效提高車輛在各種路況下的操控和安全性能。

全系標配胎壓監測、車身穩定系統、坡道輔助、前排正面和側面安全氣囊。新增車道偏離警示、車道保持輔助系統、自適應巡航控制、行人碰撞預警、倒車影像及自動泊車等配置，能更好保障行車安全。