三輪摩托車駕駛證扣分后，處理方式如下：

首先，根據不同的違章情形會有不同處理。比如超速行駛、闖紅燈、酒后駕駛等危險行為被查處，一般會罰款、扣分，嚴重的會吊銷駕駛證。若只是輕微越線停車，按扣點分處理。

其次，被扣分后要在規定時間內參加道路交通安全法規和安全知識的學習和測試，有條件可參加駕駛員安全文明教育，同時按時繳納罰款。

還可以通過交管 12123 上的“學法減分”功能學習，按規定通過網上或現場學習并考試，以及參加公益活動減免記分分值。

要注意，三輪摩托車駕駛扣分處理是根據道路交通安全法規定進行的，違反交通法規會扣除不同的分值和罰款。

駕駛三輪摩托車一定要嚴格遵守交通規則，注意交通安全，避免扣分。