指南車失傳的原因主要有以下幾點。

一是指南車結構和制作工藝復雜。從《宋史》對燕肅所造指南車的記載可知，其內部有眾多大小不同的齒輪，通過復雜的齒輪傳動來實現指南功能。

二是戰亂頻繁。每逢戰亂，社會動蕩，指南車這樣的精巧器械極易遭到破壞，相關制作技術也隨之失傳。

三是技術保密。比如指南車可能作為軍事機密，未得到廣泛傳播，一旦知曉制作技術的人在戰亂中喪生，傳承就會中斷。

四是技術難度高。指南車的制作需要制作者對機械原理有深入的理解和高超的技藝，如齒輪差動裝置的運用，后人難以掌握。

總之，指南車的失傳是多種因素共同作用的結果。