電子油門加速器的缺點會對車輛穩定性產生不良影響。

首先，它可能導致駕駛時急加速或急減速，因為改變了油門響應速度，這就需要駕駛員更精細控制力度，否則容易打破車輛動力平衡，影響操控穩定性。

其次，會給發動機和傳動系統帶來額外負擔，頻繁急加速使得零部件磨損加劇，縮短使用壽命。

再者，可能增加油耗，因為加速更迅猛，燃油消耗相應上升。

對于駕駛體驗，雖然能帶來瞬間加速快感，但突兀的動力輸出會降低駕駛舒適性。

在復雜路況下，如擁堵道路，過快的油門響應會讓車輛難以平穩行駛，增加駕駛疲勞感。

另外，手動車型安裝后油離配合難度加大，起步需要更精準操作。

而且，電子油門加速器過于“傻瓜化”，無法根據路況和駕駛者意愿靈活調整，比如自動檔車型可能因快速提升油門信號頻繁降檔，導致發動機轉速過高，增加油耗和磨損，在特殊天氣和路況下還會增加行車危險。