本田踏板摩托車125全系列在配置上存在諸多不同之處。發動機方面，部分由“鯊魚科技”發動機支撐，部分采用NSC發動機，不同發動機賬面數據有別。安全配置上，有的車型提供ABS選裝，有的配備雙通道防抱死ABS系統和TCS牽引力控制系統。便利性配置也各有差異，一些有怠速啟停、加熱手把等，一些則配備無鑰匙啟動、剎車聯動等。這些不同，滿足了多樣的消費需求。

在供油系統上，差異也較為明顯。五羊本田的部分車型搭載本田PGM - FI，部分使用五羊本田i - FI。像NX125和NCR125采用的是PGM - FI，新Shark 125則用i - FI 。而新大洲本田的125代步車全系使用PGM - FI供油系統，不過不同車型調校不同，賬面數據也有所差異。

從外觀設計與定位來看，風格迥異。比如新大洲本田的分割線125賬面數據出色，外觀運動，配置豐富；NS125D則相對普通。本田eX125作為高端商務踏板，外觀注重協調性和檔次感，整體穩重大氣；RX125作為運動踏板，有著不規則線條和花哨配色，運動性能突出。

在便利性配置方面，本田佛沙125具備怠速啟停功能、加熱手把、雙閃以及USB接口等，還配備無鑰匙啟動系統。五羊本田的NCR125有巡航造型、無鑰匙啟動和剎車聯動；RX125除了無鑰匙啟動，還配備芯片防盜等全新配置。

總之，本田踏板摩托車125全系列在發動機、供油系統、安全配置、外觀定位以及便利性配置等多方面都有不同。這些細致的差異，使得每個車型都有其獨特之處，無論是追求動力、安全，還是注重外觀、便利性，消費者都能在其中找到符合自身需求的那一款踏板摩托車。