車輛有多個違章扣分，并沒有嚴格固定的處理順序。處理多個違章扣分時，可依據不同情況靈活選擇。若違章性質相同，可一并前往交通管理部門處理；若性質不同，優先處理較緊急或影響大的。也可按違章時間先后處理，或者為保留分數應對未來違章，優先處理低分違章。總之，要結合自身實際，在確保證件齊全的前提下妥善處理違章，避免逾期產生滯納金 。

當違章性質相同時，比如都是闖紅燈或者都是超速等，車主可以將這些違章一并處理。準備好身份證、駕駛證以及行駛證，前往當地交通管理部門的違章處理窗口。工作人員會仔細核實證件信息，確認違章事實后，開具處罰決定書，之后車主依據決定書要求，在規定的15個自然日內到指定銀行繳納罰款。

若遇到違章性質不同的情況，例如一個是交通違章，另一個是違反治安管理的違章等，此時應先處理較為緊急或對后續影響較大的違章。像交通違章需前往交警大隊處理，而違反治安管理的違章則要到派出所等相關部門。分別接受調查、詢問，履行告知程序后接受處罰。

按違章時間先后順序處理也是一種選擇，這種方式條理清晰，不易遺漏。從最早的違章開始，逐個按照流程處理。不過，如果想要保留分數以應對未來可能出現的違章，那么優先處理低分違章是個不錯的策略。畢竟駕駛證的分數有限，合理分配能避免因分數扣滿而面臨更復雜的后續處理流程，比如參加學習考試等。

總之，在處理多個違章扣分時，車主需要綜合考量自身情況。無論是何種順序，都要確保證件齊全，仔細核對違章信息的準確性。同時，嚴格遵守罰款繳納期限，避免逾期產生不必要的滯納金。若對違章記錄存在異議，要及時提出申訴，保障自身合法權益。