二手車自動擋在后期保養上費用通常比手動擋略高，其他方面差別不大。由于自動擋車變速箱結構復雜，其換油使用量和價格更高，更換零部件成本也不低，長期來看隨著行駛里程增加，會產生更多保養費用。不過在小保養成本和保養間隔上，兩者多數情況差別不大。總體而言，二者保養費用不會形成巨大的經濟壓力差異 。

以常見車型五菱星辰為例，小保養時，手動擋和自動擋的成本均為 309 元，保養間隔都是 5000 公里。然而，到了 6 萬公里的常規保養，差距就顯現出來了，自動擋因換變速箱油使用量和價格更高，成本比手動擋高出 858 元。若一年行駛 2 萬公里，每年平均保養成本自動擋比手動擋貴 286 元，再算上其他養車費用，每年自動擋要比手動擋高約 830 元。

不同類型的變速箱也會對保養產生影響。比如 CVT 變速箱，保養期相對較長，但也需要定期換油，并且其內部結構復雜，一旦零部件需要更換，成本可不低。而手動擋，雖然在變速箱方面相對簡單，但更換離合器的費用也不低，只是與自動擋變速箱維護費用差異不算特別明顯。在前期每次保養中，兩者費用差別可能就幾十元。

此外，從駕駛習慣對車輛的影響來看，新手開手動擋車時，由于操作不夠熟練，可能會因操作不當導致車輛某些部件過早損壞，增加維修保養成本。而自動擋車操作相對簡單，可在一定程度上避免這種情況。不過，這也并非絕對，良好的駕駛習慣無論對自動擋還是手動擋，都有助于延長車輛使用壽命、降低保養成本。

綜上所述，二手車自動擋和手動擋在后期保養上，主要差距在于變速箱相關的保養費用，但整體差異并非難以承受。消費者可根據自身的經濟狀況、駕駛習慣等因素，綜合考慮選擇適合自己的車型。