在應急車道短暫停留是否會按行駛處罰扣分，答案是有可能會。

根據相關規定，駕駛營運客車以外的車輛在高速車道停放的，扣 6 分，營運車輛在高速道路上停放的，直接扣 12 分。4 月 1 日起，駕駛機動車在高速公路或者城市快速路上違法停車的，從 6 分上調為 9 分。

非緊急情況時在應急車道行駛或者停車，被快速公安交警現場照相錄影調查取證的汽車不法占有應急車道違規行為，就會處罰 200 元并扣六分，并責令整頓，處罰需要在半個月內交清。

如果是在緊急情況下進入應急車道停車，比如車輛發生故障不能再繼續行駛，像輪胎爆胎、制動器失靈、發動機無法工作、油箱沒油；駕駛員突發心律失常、心肌梗塞、腦出血等疾病導致不能駕駛；車內人員突發疾病；護送高考考生等特殊情況，則不會被處罰。

但要注意，在緊急情況停車時，應立即打開汽車報警燈，車輛轉入應急車道后，在距離車輛來車方向 150m 處放置標志，并報警說明車輛情況。車里的人要在安全的地方等待救援。不按要求放標志、開警示燈，被舉報后還是要罰款。

另外，在高速公路上行駛，不可以變道進入應急車道超車，屬于違法行為，會被扣 6 分。如果因為應急車道超車導致發生追尾的交通事故，需要承擔事故中的全部責任。而且一般在高速公路上發生交通事故的，通常都是重大的交通事故，如果出現撞死人的情況，構成犯罪的，屬于交通肇事罪，有可能會被判處 3 年以下有期徒刑。