公司營運車輛違章查詢后，處理流程包括及時了解違章信息、準備相關證件、選擇處理方式、繳納罰款，嚴重違章還可能需參加學習或接受處罰。及時了解違章信息能把握情況，準備證件是處理基礎，選擇合適處理方式保障順利處理，繳納罰款履行義務，參加學習或接受處罰是對嚴重違章的規范。整個流程嚴謹有序，確保交通秩序與營運合規 。

及時了解違章信息，駕駛人可通過多種途徑實現。交通管理部門的官方網站和手機應用是便捷之選，能隨時查詢違章詳情；也可前往當地交通違法處理窗口，直接獲取準確信息；若提前登記開通短信通知服務，也能及時知曉違章情況。

確認違章后，準備相關證件必不可少。通常需要車輛行駛證、駕駛證、營運證等，這些證件是處理違章的關鍵憑證，務必準備齊全。

處理方式分為線下和線上。線下前往當地交通違法處理窗口辦理，在這里可以當面咨詢工作人員，解答疑問，但可能面臨排隊等待的情況。線上則通過交通管理部門的官方網站或手機應用處理，方便又快捷，不過對網絡環境和操作技能有一定要求。

涉及罰款繳納，方式多樣。可前往銀行柜臺，直接繳納罰款；也能通過網上銀行，在家輕松完成操作；第三方支付平臺如微信、支付寶等也支持繳納罰款，極大地便利了人們。

若出現嚴重違章，駕駛人可能需參加交通安全教育學習。在一個記分周期內，營運車駕駛人累計記分達到12分及以上，需參加為期7天的道路交通安全法律、法規和相關知識學習，并通過考試。考試合格，記分清除，發還駕駛證；不合格則繼續學習考試，拒不參加者，駕駛證將停止使用。

總之，公司營運車輛違章處理流程環節眾多，涉及多個方面。每個步驟都緊密相連，不可或缺。駕駛人應嚴格按照流程處理違章，養成良好駕駛習慣，遵守交通規則，確保營運車輛的正常運行和交通安全。