二手車交易協議書丟了無需過于慌張，有多種辦法可解決。首先可嘗試聯系交易對方，看能否復印其留底的協議書并加蓋印章，這與原協議書具有同等效力；也能憑購車發票找對方補簽。若對方不配合，車輛登記證書、購車發票等也能證明買賣事實。此外，還可通過起訴來處理。總之，即便協議書丟失，也能通過這些途徑維護自身權益，保障交易的有效性。

若聯系交易對方復印留底協議或補簽協議的方法行不通，你還可以查找其他相關交易憑證。比如購車款的支付憑證，無論是銀行轉賬記錄、電子支付截圖，還是現金收款收據，都能從側面證明交易的真實性和金額等關鍵信息。車輛交付時的相關證據也很重要，例如交接車輛時的照片、視頻，或者雙方簽署的車輛交付確認單等，這些都有助于證實車輛已完成轉移。

倘若你是通過中介購買的二手車，不妨聯系中介機構。正規的中介通常會留存合同副本，這能為你提供很大的便利。要是交易合同經過了公證，前往公證處查詢公證檔案也是不錯的選擇，公證處會按照規定為你提供相應的材料。

在某些涉及車輛后續手續辦理且需要合同的情形下，如果實在無法找到原合同，你可以向法院或仲裁機構說明情況，申請調取相關證據。依據《民法典》，合同丟失并不影響雙方履行義務和承擔責任，不過長期擱置不處理可能導致自身權益受損，而且訴訟時效為三年，所以要及時行動。

總之，二手車交易協議書丟失雖然會帶來一些麻煩，但通過多種途徑的嘗試和努力，依然能夠保障自身權益，確保二手車交易的合法性與有效性，讓后續的車輛使用和相關手續辦理順利進行。