帕加尼 Zonda R 采用了諸多獨特的空氣動力學設計。

首先，其前包圍的空氣動力學套件相比硬頂版更加激進，在兩側增加了更大更多的復翼。前包圍中間與前機艙蓋的空氣橋，以及兩側標志性的矩形進氣口得以保留。

車身后部的空氣動力學效應和全新的前蓋、封閉式車底以及尾部擴散器等部件共同作用。

其次，安裝在車頂上的碳纖維進氣通道能將空氣直接輸送到發動機。在極速 350 公里下，空氣動力學套件可提供最高 1500 公斤的下壓力。

此外，Zonda R 采用了和普通版相同的動力系統，超輕量化的車身也是其殺手锏，質量功率比為 143 千克/馬力。

這些設計使得帕加尼 Zonda R 在高速行駛時能夠擁有出色的穩定性和操控性，從而在賽道上取得優異的成績。