自動擋二手車相比手動擋二手車后期維修成本通常更高。手動擋變速器結構簡單，維修方便且費用低，變速箱相對耐用，不容易出現問題。而自動擋機械結構復雜，年限久的車更耗油，維修和保養成本相對較高。從整體上看，在后期維修成本方面，自動擋二手車會比手動擋高出不少，這也是在選擇二手車時需要考慮的重要因素。

具體來說，手動擋的變速箱內部構造相對簡潔，齒輪、同步器等主要部件清晰明了。一旦出現故障，維修師傅能夠較為迅速地判斷問題所在，維修所需的工時費也就相對較少。而且很多手動擋的零部件通用性強，價格也較為實惠，像常見的離合器片更換，費用可能僅需幾百元。

反觀自動擋，它有液力變矩器、行星齒輪機構、電子控制系統等多個復雜部件協同工作。任何一個部分出現故障，排查問題的難度加大，維修工時費自然會增加。比如，自動擋的閥體故障，維修費用可能要數千元甚至更高。再加上一些自動擋車型的零部件往往具有獨特性，價格高昂，這無疑進一步推高了維修成本。

此外，隨著車輛使用年限增長，自動擋由于其工作原理和復雜結構，更容易出現諸如換擋頓挫、打滑等問題，維修頻率可能也會相對高一些。而手動擋只要駕駛者操作得當，正常使用多年都可能無需進行大規模維修。

綜上所述，自動檔二手車和手動檔二手車在后期維修成本上存在顯著差異。手動擋憑借結構簡單、零部件價格親民等優勢，在維修成本上更具優勢。消費者在選擇二手車時，若考慮到后期維修成本這一關鍵因素，手動擋車型或許是更為經濟實惠的選擇 。