上海外地車限行處罰標準的特殊情況有：首次違法會收到警告通知，不罰款不扣分；限行日進入限行區域，電子眼多次抓拍當日只作一次處罰，罰款 100 元，被警察攔下同樣罰款 100 元，當天再查不再重復罰；同一外地牌照 6 個月內多次違反，罰款加倍、記 6 分并暫扣駕駛證。這些特殊情況考慮了不同違規情形與頻率，在執行處罰時更具靈活性與合理性，以平衡交通管理與車主實際需求 。

首先，對于違反高峰時段限行規定的外地車輛，通常是處以罰款200元，不記分。但如果是違反尾號限行規定，在勸返不成功的情況下，才會處以罰款200元，記3分。這體現了針對不同限行規則下處罰的差異化考量。

其次，違反禁令標志指示（內環地面限行），罰款200元，記1分；而被認定為違反限制通行規定的違法行為，則罰款200元，記3分。這兩種不同違規行為有著不同的記分標準，旨在精準規范外地車輛在上海不同區域和場景下的行駛。

再者，若未辦理相應的上海通行證而進入禁行區域，罰款200元并扣3分。這一規定強調了通行證在特定區域通行的重要性。

另外，外牌限行時間上高架后多次抓拍會重疊處罰，每一次違法行為都會被獨立記錄并處罰。但限行日開車進入限行區域，當日被電子眼拍到多次，當日只作一次處罰，罰款一百元。這一特殊情況避免了同一日多次違規被過度處罰，又對外牌上高架的違規行為保持了高壓態勢。

總之，上海外地車限行處罰標準的這些特殊情況，既體現了交通管理的嚴格性，確保城市交通秩序井然，又充分考慮到了各種實際情況，在罰款、記分以及處罰次數等方面做出細致規定，在保障交通順暢的同時，最大程度兼顧了車主的利益。