如果在甘肅公安交通違章查詢后發現違章，處理方式如下：

可以使用“交管 12123”APP 處理。能處理本人名下或非本人名下已備案的機動車非現場違法行為；可處理警告或 200 元以下罰款、簡易程序非現場違法行為；非本人已備案的機動車有記分的非現場違法行為，只允許在備案日之后發生的才能處理。但有一些情形不允許處理，比如駕駛證具有撤銷、吊銷、注銷、停止使用、逾期未換證、逾期未審驗、扣押、扣留、注銷可恢復、暫扣、鎖定、轉出和記滿 12 分情形的；非現場違法行為處理后駕駛證將記滿 12 分的；屬于重點人員的。

具體操作流程是，登錄“12123APP”，點擊“違法處理”或選擇“更多”打開業務中心點擊“違法處理”選項，點擊相應機動車右側的“查詢”按鈕，選中要處理的違法，點擊右下角處的“處理并繳款”，閱讀“業務須知”并點擊“閱讀并同意”，選中“支付渠道”然后點擊“確認繳款”即可。已經處理過但尚未繳納罰款的交通違法，可通過點擊“罰款繳納”或選擇“更多”打開業務中心點擊“罰款繳納”選項，點擊頂部搜索框，輸入 16 位處罰決定書編號并點擊“搜索”，閱讀“業務須知”并點擊“閱讀并同意”，選中“支付渠道”然后點擊“確認繳款”完成。

在嘉峪關，交通違章可通過網上處理，網址是 https://gs.122.gov.cn/m/login? 可辦理甘肅省籍非營運的機動車輛，適用簡易程序處理(200 元以下罰款)的、非重點監管的違法行為、交通違法行為確認、處罰決定書號通過網上銀行繳納罰款以及打印處罰決定書。網上處理流程為登陸網址，點擊注冊，根據提示設置密碼，點擊交通違法查詢，選擇自助處罰，通過網上銀行繳款。

還可通過網點處理，被路面執勤民警當場開具簡易處罰決定書的，應持其第三聯于開具決定書之日起十五日內前往銀行繳納罰款；因交通違法行為被路面執勤民警依法扣留機動車的，應持相關證件 15 日內到交警大隊處罰教育室窗口接受處理；機動車因交通違法行為被電子監控設備記錄違法信息的，交通違法行為人或者車輛所有人、管理人可在獲知違法信息后持本人駕駛證和車輛行駛證，前往交警大隊交通違法處理窗口接受處理，然后到指定銀行網點繳納罰款。電子監控處理的網址是 https://gs.122.gov.cn/m/login? 處理前要綁定本人的機動車及駕駛證，只能處理罰款金額為 200 元以下的電子監控記錄，處理后駕駛證累記記分達 12 分的不允許處理，繳款罰款在線支付成功后電子監控才算處理成功，且該功能只可以為自己名下的機動車處理電子監控記錄。

繳納罰款可通過網上自助服務系統、各交警大隊服務大廳繳費、代理銀行柜面繳納。