目前沒有確切公開資料表明九頓天窗深度的設計依據。不過可以推測，從空間利用角度，其獨特立體構造或許是為與車內內飾布局更好融合；在功能實現方面，特殊風道設計與精準開啟角度規劃，能優化通風、降低風噪；結構穩定性上，先進材料組合和力學結構，可減輕重量并應對震動與應力變化，這些方面可能影響了九頓天窗深度的設計 。

從地理環境角度來看，九頓天窗位于河池市都安瑤族自治縣大興鄉九頓村九頓屯，發育于碳酸鹽巖地層中。這樣的地質條件或許是其深度形成的重要因素。碳酸鹽巖在長期的地質作用下，經過水流的溶蝕等過程，逐漸形成了如今的斜井式天窗群。水流不斷侵蝕巖石，使得洞穴不斷向下延伸，從而造就了它令人驚嘆的深度。

從實際用途和探索價值來講，九頓天窗如今被譽為“亞洲洞潛圣地”“中國水下珠峰”。其深度為潛水愛好者提供了極具挑戰性的場地。像韓颋能在其中成功潛到水下277.4米，這意味著九頓天窗的深度至少大于此數值，很可能達到300米或者更深。如此深度的水下是蜿蜒曲折如迷宮般的洞穴，為科研人員研究洞穴地質、生態等方面提供了豐富的樣本。深度的設計也許正是大自然為滿足這種探索與研究需求而“打造”的。

九頓天窗深度的形成或許是多種因素共同作用的結果。地質條件的基礎作用，加上實際用途和探索價值等方面的推動，共同造就了如今這一獨特的自然景觀，吸引著無數人前往探索它的奧秘，成為自然與人類互動的奇妙存在。