水平對置發動機的缺點會對車輛性能產生以下影響：

制造設計復雜，成本高。水平對置發動機由于氣缸布局特殊，需要兩根凸輪軸和進排氣系統，正時鏈條復雜，降低了可靠性。而且對潤滑要求高，需要油泵強制循環潤滑，在氣缸內壁使用特殊涂層，曲軸也常采用高硬度材料，這都大幅增加了制造成本。

發動機寬度過大，避震受限。其扁平安放導致橫向寬度增大，物理排量通常不超 4.0L，還會給避震設計帶來難題，像斯巴魯車型前避震只能用較實惠的麥弗遜懸架。

維護保養不方便。更換火花塞等操作對于水平對置發動機很麻煩，需要拆開附屬配件和專用工具，有些簡單維修動作甚至可能要抬發動機。

機油消耗大。早期斯巴魯水平對置發動機存在機油消耗大的問題，但 2015 年后出廠的發動機改進了活塞環，燒機油已得到解決。

潤滑不均。橫置的氣缸因重力使機油流到底部，造成一邊氣缸潤滑不充分，影響發動機正常工作。

摩擦不均。活塞水平放置和自身重力導致缸套上下內面受力不均，底部磨損更多，可能縮短發動機壽命。

這些缺點可能會導致車輛的可靠性降低，增加維護成本和難度，影響車輛的操控和穩定性，在一定程度上影響車輛的綜合性能。不過，隨著技術的進步，一些問題已經得到了改善。