電子油門加速器存在一些缺點，可能對發動機壽命產生影響。

其復雜度高，系統復雜，大量電子元器件依賴穩定電源，故障后修復難度大。

容易受電子干擾，導致油門控制信號不穩定，影響駕駛體驗與安全。

故障率高，涉及的小電子元件壽命短，易故障，維修成本高，且需專業技術人員處理。還需要更高技術水平維修保養。

此外，長期使用電子油門加速器，節氣門壽命可能降低，因快速大幅開啟，其驅動電機和傳動機構磨損增加。

電腦程序可能紊亂，如油門快速踩到底或加速器內部短路，可能致行車電腦程序或硬件故障。

傳動機構和變速器工作負荷加大，急加速、減速工況使離合器片、齒輪等部件工作負荷增加，減少使用壽命。

容易產生積炭，供油過多致燃燒不完全。會使起步尾氣超標，加速三元催化損耗，影響年審和更換周期。

不過，原廠對加速器輸出值設定在發動機核定功率內，一般不會對發動機造成直接傷害。安裝前咨詢專業人士，遵循使用說明，不過度使用，能減少不良影響。