軍牌車的特殊通行權限主要有以下方面。

在中國大陸境內，軍牌車免繳任何道路通行費、養路費和停車費。

在執行軍事任務期間，軍牌車享有道路優先通行權，不受交通條例和交通部門管制。

軍牌車之所以有這些特殊權限，是因為軍隊有自身的管理體系。軍車和行政單位車輛因經費來源等原因，在一些費用上予以免除。同時，軍車駕駛員通常接受嚴格的軍事化管理，素質和安全意識較高。

但需要明確的是，軍牌車的特殊權限并非是無限制的特權。真正開軍車的戰士嚴格遵守紀律，那些不按規章行事的只是少數。軍車違章違紀由軍事交通管理部門執法。

在一些特殊情況下，如搶險救災、執行緊急任務等，軍牌車可以優先通行，這是為了保障任務的順利完成。而且軍牌車在道路上行駛時，其他車輛和行人通常會給予避讓和尊重，提高了行車安全。

交警一般沒有資格攔截軍牌車，因為解放軍和武警的車輛屬于特殊車輛，其管理權歸部隊，由軍車糾察具體執行管理任務。但所有車輛在道路上行駛都應遵守法律法規，共同維護良好的交通秩序。