首都之窗違章查詢的申訴流程是這樣的：

首先，在申訴前要先把違章罰款繳清。

然后去當地交通支隊了解違章詳情，比如查看違章時的監控錄像，有助于提高申訴成功的可能性。

接著，到車管所的違章處理窗口辦理違章，提交行駛證、駕駛證、身份證等資料，并領取違章處罰決定書。

之后向工作人員提出申訴，并填寫行政復議申請表。

帶上行政復議申請表、處罰決定書、駕駛證、行駛證、身份證等資料到當地的公安部門提交申請。

申訴受理后，交管部門會重新對本次違章的違章內容和處罰進行核對，并在七個工作日內給出答復和相應的措施。

如果對于復議結果還是不服，則可以在接到復議結果通知的五天內到當地人民法院提起訴訟。

能申訴的情況有很多，比如車輛被套牌，可證明違章不是自己犯的；重復錄入的違章；電子警察抓拍的違法記錄資料不清晰；為避讓特種車輛、故障車、事故車、違法車輛而不得已違章；視線被大型車輛遮擋導致的違章；信號燈故障造成的違章；標識不明導致的違章等。

總之，遇到不公正的違章處罰，要及時通過合法途徑申訴，維護自己的權益。