頻繁清洗除垢可能會對冷凝器造成損害。原因有多種。

一是清洗劑的問題，比如有些含氯離子等成分，會導致設備腐蝕和泄露；水在清洗劑中占比過高或酸性度過強，也會影響清洗效果或腐蝕設備。

二是操作人員經驗不足，加藥比例過重、未配合保護措施、清洗次數過多造成過度清洗，都可能使冷凝器遭受腐蝕和穿孔。

不過，只要選擇合適的清洗方法和清洗劑，是能避免損害的。清洗冷凝器水垢時，應選不含氯離子的 GJ-4E 水垢清洗劑，對于碳鋼等材質設備要加適量金屬緩蝕劑。

根據不同結垢成因和機理選相應清洗法，比如漢迪可高壓水槍射流清洗，適合清洗金屬污泥等。物理除垢可用軟軸洗管器，要注意根據結垢厚度和管壁銹蝕程度選合適直徑滾刀。

化學清洗要注意溶液比例和循環、浸泡時間，防止腐蝕。電子磁水除垢法適用各種冷凝器，能在不影響制冷系統運轉時除垢和預防結垢。

防垢阻垢可使用安全除垢劑，它除垢高效徹底、防腐性能優良、使用安全方便。還可用防垢阻垢劑，其能使鈣鎂鹽類形成易排的水渣，有機物能阻止金屬表面結垢，也有助于腐蝕控制，但加藥前應先除垢，且要定期檢查。