奇瑞探索 06 的缺點主要有以下幾點：

品牌知名度方面，相較一些國際知名品牌，奇瑞的品牌知名度有待提高，這可能影響部分消費者的購買選擇。

噪音控制上，高速行駛時風噪和胎噪較為明顯，降低了車內乘員的舒適感受。

配置差異較大，高低配車型之間的實用配置分布不均衡，部分實用配置僅在高配車型中才有，對預算有限的消費者不太友好。

舒適性方面，懸掛系統對路面顛簸的過濾效果尚有不足，在較差路況下行駛時，車內乘員可能會感到明顯顛簸和不適。

售后服務網絡在一些偏遠地區不夠完善，給車輛維修和保養帶來一定不便。

右后視鏡雖寬大，但不管怎么調盲區都較大。

車內空間對習慣更大尺寸 SUV 的用戶來說仍有改進空間。

車機系統的存儲空間和功能有待提升，比如實現更多自定義下載和使用。

車內存儲空間在長途旅行時可能不夠用。