新能源氫燃料目前面臨的主要挑戰包括以下幾個方面。

首先是產業鏈不成熟，從氫制取、存儲運到氫燃料電池系統等各個環節均有待全面提升技術和應用成熟度。比如高校項目產業化存在瓶頸，許多從高校出來創業的項目在推進中會遇到產業化和商業化的難題，需要配備好的商業化團隊。

其次是專利風險，從國外引進人才發展可能存在專利方面的風險，這與國內半導體行業情況相似，是企業要面對的問題。

再者是不確定性風險，無法確定氫能源產業的爆發點和時間，這對投資來說是一種風險，但風險往往也伴隨著高投資回報。

此外，氫氣的生產費用較高，特別是以可再生能源為基礎的“綠色氫”仍處于成本優化階段。氫的存儲和運輸問題也急需克服，這直接影響到其在商用車等領域的普及。

同時，政策法規的支持力度尚不足，許多國家和地區缺乏完善的氫能產業政策和相應的激勵措施，使得企業在投入氫能領域時面臨困難。

基礎設施建設滯后，尤其是氫氣加注站的稀缺，不僅影響車輛使用效率，還加大了運營成本。

還有，儲能項目大量建設但利用效率不高，主流技術路線儲能容量少、供電時間短，不能滿足電力系統調節新能源發電間歇性、波動性問題平衡供需的需求，也無法解決新能源發電時間與用能終端需求時間錯位的矛盾。

另外，綠氫在國家層面還缺乏明晰認證，相關標準在某些細分領域有所欠缺，且修訂不夠及時。