BMW M3 GTR 有很多獨特的設計。

首先是外觀方面，它采用了銀藍色的涂裝拉花，全車運動套件、側出排氣、寬體套件以及碩大的擾流尾翼，紅白尾燈搭配十分耐看。車身線條流暢，充滿力量感和動感。車頭有大面積進氣口，車尾的大型擾流板增加了高速行駛穩定性。

其次是內飾，為了輕量化移除了大部分對賽事無影響的部件，并植入了防滾架，擋把頭更換為高爾夫球款，內里變速箱可能為 6 速序列式，中控臺還移植了三行復古的多功能按鍵。

再者是動力，與標準版 E46 M3 不同，M3 GTR 搭載了源自賽車技術的 4.0 升自然吸氣 V8 發動機，可輸出約 450 馬力的功率。它還是唯一一款配備 V8 發動機的 E46 M3，匹配的是六速手動變速箱，動力最大輸出為 346 馬力和 365 牛米，最高時速 295 公里/小時。

另外，公路版 M3 GTR Strassenversion 輕量化車身僅為 1350 公斤，比標準 E46 M3 輕了 185 公斤，配備泰坦銀金屬漆和 19 英寸車輪。

總之，BMW M3 GTR 的這些獨特設計使其成為汽車界的經典之作。