在三包有效期內更換的零部件是有單獨質保的。

根據相關規定，在三包期限內更換零件，產品整體的保修期不變，但配件的質保期應當重新計算，從更換之日起計算三包期限。

例如，《家用汽車產品修理更換退貨責任規定》第二十九條明確，按照本規定更換的家用汽車產品，其三包有效期和包修期自更換之日起重新計算。這里指的是整車，而非單一零部件，所以爭議車輛在質保期內更換的零部件不應單獨重新計算質保時間，應與整車質保期限保持一致。

不過，對于一些配件，即使在三包期內更換，整體保修期仍保持不變，只是配件的質保期會從更換之日起重新計算。

同時，《部分商品修理更換退貨責任規定》第七條指出，生產者有責任為修理者提供必要的技術支持，包括修理技術資料和合格配件，并負責培訓和支持費用。保證在產品停產后五年內繼續提供符合技術要求的零配件。

需要注意的是，更換配件后，即使修理是免費的，它也不會延長原產品的保修期。

所以，當您的車輛在三包期內更換配件時，盡管更換可能導致配件保修期的獨立計算，但整體的三包保障依然有效。在與經銷商或修理廠溝通時要明確了解這些細節，以便在維修過程中獲得最佳支持和保障。