電子油門加速器存在一些缺點，可能會使車輛駕駛體驗變得不穩定。

首先，它會增加車輛的油耗。因為油門變得更靈敏，動力輸出增加，汽油消耗也就相應增多。雖說增加程度不是特別嚴重，但長期下來也是一筆不小的開銷。

其次，電子油門加速器會讓油門不好控制。對于手動擋車型，加裝后油門踏板反應過于靈敏，起步或換擋時油離配合難度加大，容易出現加油不走或車輛憋死的情況。

而且在復雜路況或雨雪天氣下，自動擋車型降檔更積極，駕駛風格變得激進，這會給駕駛員帶來不便，甚至存在一定的安全隱患。

所有的油門信號都要通過電子油門傳遞給 ECU，如果電子油門質量不過關，一旦出現故障，駕駛員可能會失去對油門的控制。

所以，車主在考慮安裝電子油門加速器時，一定要謹慎權衡利弊，結合自身實際需求和駕駛環境做決定。