電子油門加速器的缺點會在一定程度上導致車輛油耗增加。

手動擋車型加裝后，油門更靈敏，起步或換擋時油離配合難度加大，可能出現加油不走或車輛憋死的情況。

自動擋車型降擋更積極，駕駛風格變得激進。這種情況下，油耗會有所上升，但增加幅度通常不是特別嚴重，一般能接受。

然而，安裝電子油門加速器還存在其他問題。比如操控難度加大，無論路況如何，駕駛者都得應對更靈敏的加速意愿，對駕駛技術要求更高。

在夜間、視線不良或雨雪天氣，過猛的加速會增加行車危險。

而且，安裝電子油門加速器存在安全隱患，所有油門信號都要通過它傳遞給 ECU，若質量不好，一旦故障，油門控制就會失控。

另外，電子油門加速器雖能放大信號，讓油門踏板行程縮短，反應更靈敏，推背感增強，但也導致油門不好控制。特別是手動擋車型，加油門時反應過于靈敏，需要更精準的油離配合。

總之，安裝電子油門加速器有利有弊，要謹慎選擇。