摩托車發動機故障燈長時間亮起可能是由于多種原因，包括電瓶問題、機油存儲量不足、機油稀或機油冷卻系統故障、機械性故障、燃油質量不佳或摩托車保養不及時、積碳問題。

具體情況如下：

1、電瓶問題：如果機油加滿或更換過機油后，發動機故障燈仍然亮起，可以嘗試斷電10秒鐘后重新啟動。

2、機油存儲量不足：如果發動機機油存儲量不足，會導致潤滑系統中缺乏油潤或油潤不足，從而導致機油壓力過低。建議及時補充機油。

3、機油稀或機油冷卻系統故障：機油變稀或發動機溫度過高會導致機油從摩擦副間隙中泄漏，造成機油壓力過低。建議更換機油或檢修冷卻系統。

4、機械性故障：發動機故障燈亮起，但發動機仍然能夠正常工作，啟動后故障燈會自動熄滅，可能是發動機存在某些機械性故障。建議前往專業維修店進行檢修。

5、燃油質量不佳或摩托車保養不及時：對于發動機而言，燃油是其血液，如果燃燒不完全或含有大顆粒物質，會影響發動機運行并導致堵塞和故障。只需更換優質燃油即可解決問題。此外，如果摩托車保養不及時，也會導致發動機潤滑不良，觸發故障燈亮起，定期保養即可。

6、積碳問題：活塞頂部積碳會導致燃油霧化不良，嚴重的積碳會導致摩托車發動機故障燈長時間亮起。建議及時清理積碳并定期檢查。