琉璃河進京檢查站有的車不檢查的原因有多種可能，包括：

1.車輛已經接受了先前的檢查或已通過其他檢查站的檢查，因此不需要再次檢查。

2.車輛屬于緊急情況下的救護車或警察車輛，可以享受優先通過的待遇。

3.琉璃河進京檢查站可能對部分車輛進行抽查，而非所有車輛都進行檢查。

4.車輛內可能沒有搭載禁止進京的人員或貨物，因此可以順利通過檢查站。

需要注意的是，以上只是可能的因素，具體情況可能因地區、時間等因素而有所不同。