清除水箱水垢可采用人工清理、使用專業除垢劑、機械清除、化學清洗、醋清洗等多種方法。

人工清理法需拆卸水箱，使用錘子、刮刀等工具直接刮除水垢，這種方式耗時費力，還容易損傷水箱，且難以徹底清除污垢。普通水垢清洗劑也需拆卸水箱，清洗可能不徹底，還會殘留嚴重異味，甚至腐蝕水箱材質。而專用除垢劑無需拆卸水箱，將其加入水箱，車輛怠速運行一段時間后排放，再加水沖洗，就能去除頑固水垢、銹跡等有害物質，省時省力。

機械清除法利用高壓水槍等物理方式清除頑固水垢。化學清洗法則是選用專門的清洗劑倒入水箱，運轉后排放，不過要注意選擇質量可靠的產品。醋清洗法操作簡單，加入適量白醋浸泡沖洗，或者自制醋酸溶液加入水箱運行后再排空沖洗即可。市面上還有專門的產品，按照說明操作也能有效除垢。在水質較差的地區，還可以用白醋和蘇打粉 1:1 混合，或用檸檬酸粉按說明配制后倒入水箱，靜置后沖洗。

水箱水垢若不及時清除，會影響發動機正常運行。采用合適的方法定期清理水箱水垢，能保持車輛冷卻系統良好狀態，減少故障發生，延長車輛使用壽命。