GTR 的保值率在跑車中處于中等水平。

前五年平均保值率分別為：64.7%，57.5%，51.1%，43%，37.7%，在跑車之中排第 37 名。

比如 2014 年原版車零售價 160 萬，5 年折價率 50%左右。2013 款新車零售指導價 160 萬，根據車況，車身左后骨架受損較嚴重的，預估二手車商售價在 53 萬左右。

在美國二手車網站 iSeeCars 的研究中，日產 GT-R 5 年保值率 60.6%。

GTR 的保值率受多種因素影響。性能方面，零百加速僅需 3.6 秒，這是優勢。

但車輛若有維修痕跡，比如發動機艙檢測氣門室蓋墊滲油，變速箱有維修痕跡，或者車身有損傷，像左前門有拆卸、左 B 柱有切割燒焊、左后加強板有燒焊、右后翼子板鈑金噴漆、后尾蓋鈑金噴漆等，都會對保值率產生不利影響。

GTR 的變速箱問題也會影響保值率。GR6 6 速雙離合變速箱換擋速度快，但存在諸多問題。第一批 R35 在激烈操駕時，變速箱油溫過高，導致內部壓力改變，換檔效率明顯下降。輸入軸及一檔強度不足，在 Launch Control 系統啟動后，一檔無法承受瞬間的爆發性扭矩，彈射起步導致崩齒的情況多，變速箱直接報廢。后期雖有改善，但未徹底解決，內部磨損程度遠高于其他跑車，耐用度不及保時捷的 PDK，保養周期短，后期使用成本高。

在超跑鄙視鏈中，GTR 因保值率相較 911 等車型更低，處于末端。不過，GTR 也有其獨特魅力和價值，對于情懷玩家仍有吸引力。