車輛登記證書在以下幾種情況下會被扣押：

一是受罰款處罰的人當場未交罰款，公安機關對機動車駕駛員，可以暫扣駕駛證或行駛證，包括車輛登記證書。

二是以欺騙、賄賂等不正當手段取得機動車登記的，收繳機動車登記證書，撤銷機動車登記。

三是偽造、變造或者使用偽造、變造的機動車登記證書，由公安機關交通管理部門予以收繳，扣留該機動車，并進行相應罰款和拘留。

四是使用其他車輛的機動車登記證書，公安機關交通管理部門會予以收繳，扣留機動車，并進行罰款。

另外，如果上道路行駛的機動車未懸掛機動車號牌，未放置檢驗合格標志、保險標志，或者未隨車攜帶行駛證、駕駛證，包括車輛登記證書，公安機關交通管理部門應當扣留機動車。當事人提供相應的牌證、標志或者補辦相應手續的，應當及時退還機動車。