電子油門加速器可能存在一些缺點，比如操控難度加大。

安裝后油門變得更靈敏，夜間或雨雪天氣行車時，容易因過猛加速增加危險。

還可能導致油耗增加，這不是因為加速器本身，而是駕駛習慣改變，駕駛員不自覺狠給油以及ECU將駕駛風格變得更激烈，不過油耗增加一般在5%-10%之間。

對于手動擋車型，加裝后起步或換擋時油離配合困難，可能出現燃油不去或車輛被噎死的情況。

此外，電子油門加速器在高轉速狀態下作用不明顯。

但它也并非一無是處，比如能加快電子油門的動態響應速度，提供虛假駕駛風格供ECU調整發動機參數。

總之，是否加裝要綜合考慮自身需求、駕駛習慣、技術、路況和車子改裝狀態等因素。