自動變速箱機電單元的維修費用比手動的貴數千元甚至更多。手動變速箱結構相對簡單，主要由齒輪和軸構成，維修費用一般在六七百到兩千多之間。而自動變速箱由液力變扭器、行星齒輪和液壓操縱系統等精密復雜部件組成，制造成本高，維修費用至少需要五六千，甚至能達到一兩萬。此外，自動變速箱拆裝和維修耗時，工時費也更高。

從具體的維修項目來看，手動變速箱在出現故障時，若只是進行常規的小修，例如更換一些磨損的齒輪或簡單的連接件，費用往往在六七百元左右。即便是需要大修，涉及倒檔和同步器等部件更換，整體費用通常也就在兩千多元。

反觀自動變速箱，其內部結構精密復雜，一個小小的機電單元故障，可能就需要花費高昂的維修費用。以常見的大眾車型為例，在4S店更換機電單元價格在1.5萬元到2萬元之間，在維修廠報價雖約3000多元，但工時費另算。七速干式雙離合變速器的機電控制單元更換費用一般約為2萬元。而且自動變速箱的油液和內部零部件價格也普遍高于手動變速箱，這無疑進一步推高了維修成本。

另外，維修自動變速箱所需的技術和設備更為專業，維修人員需要具備更高的技能水平和豐富的經驗，這也是導致其工時費居高不下的原因之一。相比之下，手動變速箱維修難度較低，所需工時少，費用也就便宜很多。

總之，自動變速箱機電單元由于其結構的復雜性、維修難度以及所需的專業技術等多方面因素，導致維修費用遠超手動變速箱，二者在維修費用上的差距較為顯著 。