水平對置發動機存在一些缺點，限制了其應用范圍。

首先是結構復雜，不僅設計和制造復雜，后續維修也困難，因其內部結構特殊，維修人員處理故障面臨挑戰。

其次，機油潤滑是個問題，氣缸橫置使機油易流到底部，導致一側氣缸潤滑不足，加速磨損，縮短使用壽命。

再者，對制造精度要求極高，制造成本增加，養護成本也高。

還有，機體較寬，限制了車輛布局靈活性，影響懸掛空間和乘員艙空間。

另外，低扭表現不好，因受空間限制，沖程不能太長，難以像直列、V型發動機那樣有良好的低轉速扭矩。

同時，容易爆缸，由于缸體受熱不均、設計公差等原因，結構強度易下降，曲軸高速運轉時壓力大，易損傷缸體。

然而，盡管水平對置發動機有這些缺點，但也有其優勢。比如重心低，能提升車輛操控性，過彎側傾小，還能為機艙創造更多空間。并且其平順性佳，能徹底杜絕二階震動，達到與直列六缸和 V12 相同的平順性。而且它響應極快，曲軸重量輕，轉動慣量小，內部損耗小，轉速上升快。

總之，水平對置發動機的缺點確實在一定程度上限制了其廣泛應用，但它的獨特優勢仍使一些品牌如保時捷和斯巴魯堅持使用，并通過技術改進來克服部分缺點。