電子油門加速器存在一些缺點，可能會降低車輛操控穩定性。

安裝后，油門會變得過于敏感，導致車輛不好控制。這對于手動擋車型而言，油離配合難度增加，可能出現起步或換擋時燃油供給不暢或車輛熄火的情況。

而且，電子油門加速器的系統較為復雜，大量電子元器件不僅需要穩定電源，一旦故障，修復難度高。

其電子信號易受電磁干擾，影響油門控制信號的穩定性，帶來駕駛的不安全因素。

此外，由于涉及眾多小電子元件，故障率較高，且維修成本高，還需要更高的技術水平去維修保養。

同時，它會使車輛油耗增加，在高轉速狀態下作用不明顯，開啟全加速模式時油耗上升更明顯。

不過，電子油門加速器也并非毫無優點，它能提高油門響應的靈敏度，放大油門信號增速，改變電子油門的延遲缺陷，加快起步速度，實現瞬時提速。

但綜合來看，車主在考慮安裝時應充分權衡利弊，根據實際需求和駕駛環境謹慎選擇。