更換發動機后發動機號的處理辦法如下：

首先，新更換的發動機如果沒有鋼印號，需要將舊發動機上的鋼印號拓下來。可以用印泥涂在舊發動機鋼印號上，再用塑料透明膠帶拓下來，然后粘到新發動機上，用改錐砸出鋼印號。

其次，如果新發動機自帶鋼印號但與原發動機號不同，必須按照新的發動機號更改行駛本。需要攜帶新發動機合格證及維修發票（免費更換的話需維修廠出具證明）到車管所，核對后開具委托書打刻原發動機號，同時咨詢是否需要上線檢測，若需要則檢測完畢后在車管所進行變更登記。

再者，更換發動機后要及時到車管所變更發動機號。

如果是因質量故障在保內更換發動機，不帶發動機號時，經銷商有義務幫助消費者解決發動機號問題。

另外，即使新發動機沒有編號，也不要自己亂動，需拿著修理單和機體發票到車管所申請更改機體號碼，車管所審核后會當場敲上新的號碼，一般是敲車牌號。

總之，發動機號的處理要嚴格遵守相關規定和程序，以確保車輛能夠正常過戶和使用。