冷凝器清洗除垢常用的工具主要有以下幾種。

機械除垢工具方面，軟軸洗管器是常見選擇，其適用于立式殼管式冷凝器。操作時先抽出制冷劑，關閉相關閥門，正常供給冷卻水，用軟軸洗管器的刮刀旋轉刮除垢，借助循環水冷卻并沖走污物。除垢時要根據結垢厚度等選用合適直徑的滾刀，分兩遍除垢能清除大部分水垢。

化學酸洗除垢會用到弱酸性除垢劑，先配制溶液讓其在冷凝器中循環 24 小時，停止后用鋼刷拉刷并清水沖洗，再用清水洗凈殘留溶液。注意溶液比例和循環、浸泡時間，以防腐蝕。

電子磁水器也是一種工具，它能改變冷卻水中鈣、鎂離子的電荷狀態，破壞結晶條件使原有水垢逐漸脫落排出，能防新垢生、除舊垢，且不影響制冷系統正常運轉。

此外，還有一些輔助工具和方法。比如關閉冷凝器的閥門，用防腐泵做成小循環系統，先加酸洗緩蝕劑，再加入固體酸洗清洗劑，必要時加泥垢剝離劑，結束后加中和鈍化劑。化學清洗后若有殘留水垢，可用中央空調通炮機清洗，也可使用冷凝器高壓清洗機，用水的高壓動力除垢防垢，操作簡單，能全面或局部清洗，水可處理后排放或重復使用。