Pagani Zonda 的限量版車型主要有以下幾種。

帕加尼 Huayra Imola，它基于現款 Huayra 車型打造，車名源自意大利圣馬力諾伊莫拉賽道。外觀增加激進空氣動力學套件，如車頂進氣口、固定式擾流板和大型擴散器等。大量使用鋁、鈦和鉻鉬鋼等合金以及獨特噴漆技術，減重 5kg，整車重 1246kg。車內延續機械感，配備擋把下方裸露擋桿傳動機構、碳纖維紋路、真皮等，頭枕處繡有“Imola”標識。動力搭載梅賽德斯-AMG 提供的 6.0T V12 雙渦輪增壓發動機，最大功率 838 馬力，峰值扭矩 1100 牛·米，傳動系統匹配 7 速手自一體變速箱，并進行了 10000 英里賽道測試，日常駕駛也友好。售價 500 萬歐元，限量 5 臺。

帕加尼 Huayra Roadster BC，特點是敞篷結構，前包圍采用貫穿式進氣口，風刀造型變化。側面采用特定輪胎和剎車系統，車尾優化擾流板、擴散器和排氣，帶來迷人聲浪和額外下壓力。底盤懸掛采用碳纖維和碳鈦復合材料技術，減重并優化機械特性。駕駛艙采用多種材質，動力搭載 6.0T V12 雙渦輪增壓發動機，最大功率 811 馬力，峰值扭矩 1050 牛·米，傳動系統匹配特定變速箱，整備質量 1217kg。售價 350 萬美元，限量 40 臺。

還有為慶祝意大利空軍特技飛行表演隊成立 60 周年推出的 Huayra Tricolore，全球限量 3 部。動力是熟悉的雙渦輪增壓 6.0 升 V12 發動機，匹配七速變速箱，外觀向意大利空軍輕型攻擊機致敬，有定制化涂裝和重新設計的部件。座椅有特定主題，售價 550 萬歐元。

此外，2010 年為慶祝該表演隊成立 50 周年推出的 Zonda Tricolore，全球限量 3 輛，當年售價 130 萬歐元。