多點電噴和缸內直噴發動機的主要區別在于它們的噴油方式不同。多點電噴發動機的噴油器位于進氣歧管中，噴油時會將燃油噴射到進氣歧管內，與空氣混合后再進入氣缸燃燒。而缸內直噴發動機的噴油器則直接位于氣缸內，可以將燃油直接噴入氣缸內與空氣混合，從而提高燃燒效率。

具體來說，多點電噴發動機的噴油器是通過電腦控制噴油時間和噴油量，以保證燃油與空氣混合的比例達到最佳狀態。但是，由于噴油器和進氣歧管之間的距離較遠，燃油在噴射過程中會受到空氣流動、氣壓等因素的影響，導致油氣混合不均勻，從而影響燃燒效率。

相比之下，缸內直噴發動機的噴油器直接將燃油噴入氣缸內，避免了油氣混合不均勻的問題。同時，缸內直噴發動機還可以通過精確控制噴油時間和噴油量，實現更加精準的燃油噴射，進一步提高燃燒效率。